甲午中日戰爭失敗後，光緒帝（狄龍飾）亟欲達到富國強兵的目的，遂起用康有為（凌雲飾）譚嗣同（岳華飾）等改良派知識分子，開始實行維新變法，於一八九八年（清光緒廿四年）六月十一日開始頒佈了一系列有利於資本主義發展的維新詔令。那就是近代史上著名的「戊戌變法」運動。
然而，當時的軍政實權，乃是掌握在以西太后（盧燕飾）為首的守舊派手裏。他們堅決反對變法維新，懇請西太后出面干預。於是，西太后與控制京畿近十萬大軍之直隸總督榮祿（井淼飾）密謀，計劃在十月間，由她親領光緒帝到天津閱兵，乘機發動政變，迫光緒退位。
面對著光緒帝處境危殆，維新派急商對策。在一個風雨勁急之夜，譚嗣同匆匆去到北京法華寺，面晤傾向於維新的兵部侍郎袁世凱（黃新飾），希望他能負起救護光緒帝的使命，發動兵變，殺掉榮祿，包圍頤和園。袁世凱答應在閱兵時相機行事。
詎料，袁世凱乃為善觀風色的投機軍人，他權衡當時的形勢，深知保守派已有充分準備，而維新派則毫無實力，遂見風轉舵，往天津向榮祿告密。榮祿立即偕袁世凱入京覲見西太后，部署對策。
譚嗣同既獲袁世凱舉事的應諾，乃請光緒帝給袁下一道硃諭，以便翌日行動。光緒帝聞譚將採取暴烈手段，嚇得目瞪口呆。譚以自殺相脅，要光緒帝將硃諭賜下。光緒終在譚答應放棄過激行動為前題下，寫下硃諭。
就在此際，西太后與榮祿已率先發動政變矣！譚嗣同等人聞變大驚，始知遭袁世凱出賣，痛心疾首不已。在光緒帝的催促下，康有為與譚嗣同倉皇逃出懋勤殿。光緒帝落於西太后之手，被幽禁於北京西苑的一處湖心小島－「瀛台」，珍妃（蕭瑤飾）則被打入冷宮。
在「瀛台」孤島上，光緒憂憤攻心，寢食不安，既懷念珍妃，又惦記康有為。西太后知其孤寂，著晉灃皇后（凌波飾）前往撫慰，期光緒對皇后能有好感，進而改弦易轍，成為太后手中的馴服工具。但光緒對晉灃依然冷若冰霜，晉灃只好委屈而退。
光緒帝急欲逃出「瀛台」，在太監王商的巧妙安排下，潛出該孤島，先到冷宮來與珍妃相會。珍妃亦鼓勵光緒帝逃走，找到康有為，扭轉局勢。就在兩情依依之際，遇一幫太監前來巡夜，處境十分危險。幸好此時瑾妃（陳萍飾）亦來探視珍妃，挺身而出掩護，始使光緒未被太監發覺。惟太監卻將瑾妃暗地探望珍妃的行為，向西太后報告。
黎明在即，光緒帝淚別珍妃，由小太監張進喜（汪禹飾）及伺候珍妃的宮女春壽（劉慧茹飾）、春艷（尤慧飾）送行，跟王商一道逃去。迨西太后發覺光緒失蹤，立即派人追捕，惟已不知去向，只好將張進喜、春壽、春艷三人抓來拷問。
春壽雖屬女流，但不懼酷刑，始終不肯說出光緒帝的去向；而張進喜則怕得要死，只好供出光緒帝的行蹤，致光緒與王商卒為袁世凱捕獲。西太后接納了李蓮英（苗天飾）的獻議，將張進喜、春壽、春艷三人處死；而瑾妃亦被打入冷宮。
榮祿派兵四處搜捕維新黨人，有三十多人落網，其中的譚嗣同、揚銳等「六君子」，未經正式審訊便被處死於菜市口。康有為與梁啟超幸得逃脫。西太后下令廢除一切維新詔令，被光緒罷免的臣僚亦一律恢復原職。至此，歷時僅有百天的維新運動，終告完全失敗。而西太后也就開始了她的第三度「垂簾聽政」。
