1842年，早年以馬禮遜命名的教育團體從澳門遷到香港辦學，獲得飛蛾嶺山頂地皮開辦基督教英文學校、教會和醫院，命名為摩理臣學校，自此山崗便起名為摩理臣山。最初，學校的辦學理念是要在香港培訓精通英語的華人少年日後當傳教士，但後來畢業生都紛紛投身政府、鴉片煙商和洋行買辦，眼見傳教大計不通，加上財政困難，1849年學校結束。

昔日快活谷馬場的華人看台便是位於靠近摩理臣山山腳方向的位置，所以在1918年馬棚大火慘劇當日留存下來的照片中，都可以在看台和煙團後方看到當時碩大的摩理臣山。

政府早於1920年代便打摩理臣山主意，計劃一舉移平，將山泥供灣仔填海之用。政府首先將靠近灣仔海旁的山咀削掉闢出灣仔道，後來大規模開山時才發現那兒的山泥比想像中少得多，想不到全山原來以堅硬的岩石為主，以當年技術難以開採，結果剩下近皇后大道東的半座大山原封不動。

開山時，在摩理臣山建有一條輕便鐵路運載山泥往填海區，工程完成後該路段便開闢成活道。由於當時活道一帶的山石較易開採，所以最早開發成社區。當時政府規定摩理臣山只供興建運動場、公園、宗教場所和學校之用，最先落成的就是1936年由香港建造商會開辦的摩理臣山工業學院。

到1950年代，摩理臣山近皇后大道東部份仍然是山石崎嶇、滿佈雜草的石礦場地段，要到1960年代才被完全削平，之後愛群道、鄧肇堅醫院、摩理臣山游泳池、伊利沙伯體育館、摩理臣山遊樂場等設施就陸續出現。