经过惜字亭便会到毗邻的大鹏协水师副将府。「大鹏协」一名源自广东大鹏湾的大鹏城，1839年鸦片战争期间，林则徐将大鹏营的守将和兵力迁驻九龙寨，并由「营」升格为「协」，设一副将为最高负责人，直属广东省的水师提督。 这座衙门是寨城内最大的建筑群，与旁边的九龙巡检司衙署一样内设兵房，是副将和官兵的办公重地，也是副将的官邸，而火药库丶军械库等则置於衙署以外。清兵被逐出寨城後，废置的衙处後来被民间改作防疫药局，最後於1936年的大规模清拆中被毁。