九龍寨城的雛型可追溯至1810年大清軍隊興建的軍事設施九龍寨炮台，初時主要為防守香港地區、對抗張保仔等一眾極強悍的海盜之用。1839年中英鴉片戰爭爆發前夕，九龍寨更一度與英國商船進行炮戰，成功抵抗英人襲擊。 　　

香港島割予英國後，兩廣總督耆英設「九龍巡檢司」進駐九龍寨，負責管治今日九龍、新界及離島地區和主理海關稅收，令這個平民聚居而成的寨城成為既有武官又有文官駐守的政軍重地。鑑於防衛需要，道光帝於1846年御准於九龍寨外圍興建城牆、環列炮台及建立衙門和兵房，翌年正式成為一座堡壘式的寨城。當時的寨城由「大鵬協副將」鎮守，負責今日香港以至大鵬灣的水域，城內約有150名駐兵，並且派員駐於港島維多利亞城，一面與港英政府作官方聯絡，一面又收集英方情報。城內的居民以客家石工為主，大部份都來自廣東惠州。

第二次鴉片戰爭後，英國於1861年接收九龍界限街以南之地，以北的九龍寨城變相與英界毗連，已變成防不勝防。1898年列強輪流在大江南北強佔土地，清政府被迫租借新界予英國99年，但協議訂明九龍寨城除外，城內仍然駐有滿清官員和軍隊，又保留原有碼頭供官兵出入，自成一國。當時城內共有五百多名官兵及二百多名平民居住。

豈料，1899年英軍接收新界時與原居民和清兵發生衝突，英軍遂強佔九龍寨城，並驅逐城內官兵。此後，寨城一度荒廢，後來平民漸漸進駐自行聚居，與城外的寮屋區和古老圍村組成一個大型華人村鎮。