經過惜字亭便會到毗鄰的大鵬協水師副將府。「大鵬協」一名源自廣東大鵬灣的大鵬城，1839年鴉片戰爭期間，林則徐將大鵬營的守將和兵力遷駐九龍寨，並由「營」升格為「協」，設一副將為最高負責人，直屬廣東省的水師提督。 這座衙門是寨城內最大的建築群，與旁邊的九龍巡檢司衙署一樣內設兵房，是副將和官兵的辦公重地，也是副將的官邸，而火藥庫、軍械庫等則置於衙署以外。清兵被逐出寨城後，廢置的衙處後來被民間改作防疫藥局，最後於1936年的大規模清拆中被毀。