廣州起義失敗後不久，革命黨人又悄悄回港重整旗鼓。尢列於1897年回港設「中和堂」，聯絡三合會重整實力，再到橫濱與孫先生會合；楊衢雲於1898年亦轉到橫濱，並將興中會會長一職讓予孫先生後回港主力策動1900年惠州起義；鄭士良和陳少白等人亦悄悄返港準備起義；而孫先生則周遊世界為革命宣傳和籌款，期間經過1896年「倫敦蒙難事件」之後，孫先生被西方傳媒及政界視為中國革命的象徵人物，從此建立出革命總指揮的形象。

由於港英政府在廣州起義失敗後對孫先生下達驅逐令，使他未能合法在香港登岸，所以當孫先生與黨人後來計劃其他起義時，每次眾人只能留在維港海面的船艙裏聚首議事。

1900年，孫先生乘北京發生義和團之亂，命令鄭士良到惠州親身領軍六百多人起義，那次行動更有日本人參軍，及有台灣的日本殖民政府和菲律賓人在背後參與。起義隊伍一度擊倒多個廣東省沿岸地區的清兵，據載沿途集結近二萬人加入造反，佔領惠州、新安、大鵬等地，更一度向廣州進發，為時近二十天；但後來因為後勁不繼，台灣政府臨陣退出支援，後勤補給中斷而失敗告終，其中革命黨人史如堅以炸彈暗殺兩廣總督德壽無功，事敗後被擒處死。

除杏花樓外，另一間革命黨人經常秘密聚頭的便是位於擺花街2號的杏讌樓西餐館。

籌劃起義時，一切皆秘密進行，因為要推翻一欄之隔的滿清帝國，對香港殖民地政府來說是極危險和敏感之事，所以孫先生等人一定要避開香港警察耳目。而且當時殖民地政府依然執行開埠初年以來針對華人的「夜燈夜照」宵禁令，規定華人在晚上八時至早上六時期間，必需要有警署發出的「夜行執照」(俗稱「街紙」)及手攜燈籠才可上街。當時的鬼祟情況，可想而知。