广州起义失败後不久，革命党人又悄悄回港重整旗鼓。尢列於1897年回港设「中和堂」，联络三合会重整实力，再到横滨与孙先生会合；杨衢云於1898年亦转到横滨，并将兴中会会长一职让予孙先生後回港主力策动1900年惠州起义；郑士良和陈少白等人亦悄悄返港准备起义；而孙先生则周游世界为革命宣传和筹款，期间经过1896年「伦敦蒙难事件」之後，孙先生被西方传媒及政界视为中国革命的象徵人物，从此建立出革命总指挥的形象。

由於港英政府在广州起义失败後对孙先生下达驱逐令，使他未能合法在香港登岸，所以当孙先生与党人後来计划其他起义时，每次众人只能留在维港海面的船舱里聚首议事。

1900年，孙先生乘北京发生义和团之乱，命令郑士良到惠州亲身领军六百多人起义，那次行动更有日本人参军，及有台湾的日本殖民政府和菲律宾人在背後参与。起义队伍一度击倒多个广东省沿岸地区的清兵，据载沿途集结近二万人加入造反，占领惠州丶新安丶大鹏等地，更一度向广州进发，为时近二十天；但後来因为後劲不继，台湾政府临阵退出支援，後勤补给中断而失败告终，其中革命党人史如坚以炸弹暗杀两广总督德寿无功，事败後被擒处死。

除杏花楼外，另一间革命党人经常秘密聚头的便是位於摆花街2号的杏讌楼西餐馆。

筹划起义时，一切皆秘密进行，因为要推翻一栏之隔的满清帝国，对香港殖民地政府来说是极危险和敏感之事，所以孙先生等人一定要避开香港警察耳目。而且当时殖民地政府依然执行开埠初年以来针对华人的「夜灯夜照」宵禁令，规定华人在晚上八时至早上六时期间，必需要有警署发出的「夜行执照」(俗称「街纸」)及手携灯笼才可上街。当时的鬼祟情况，可想而知。