倫敦傳道會最初由著名傳教士理雅各領導,先後在港開設西人教會佑寧堂及華人教會道濟會堂,又將原於馬六甲的英華書院遷至香港開辦、出版香港首批新學報刊《遐邇貫珍》、翻譯中文古籍、開設香港西醫書院及診所、協助港府辦學,及推動多項社會改革,包括禁煙、禁賭及禁買賣妹仔等等。

該會轄下的道濟會堂是向華人傳播基督教及西學思想的重要平台,最初由理雅各及中國史上首兩位華人基督教神職人員梁發及何進善領導,到1888年由王煜初牧師於荷李活道自設會堂,宣告獨立為首間華人自立教會,開華人教會獨立辦事、擺脫西方列強侵華爪牙的先河。

除西學外,香港的基督教會是另一股最影響孫先生及一眾革命人士的力量,其中與孫先生及革命圈子關係最深的是來自英國的倫敦傳道會,該會一直透過醫療、辦學、辦報、開印刷廠等工作影響社會,傳揚基督教及西學思想。

早在高中時期,孫先生就以「孫日新」為名與好友陸皓東一起在香港美國公理會受洗信教,並居於該會的信徒宿舍。自中央書院畢業後,孫先生轉往讀醫的廣州博濟醫院亦為基督教會開辦的教學醫院,一年後又回港到倫敦傳道會主理的香港西醫書院習醫,可見他與教會的關係如何緊密。